Căn cứ quy định tại khoản 1 Điều 70 Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14, thì: Cơ quan quản lý thuế thực hiện hoàn thuế đối với tổ chức, cá nhân thuộc trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.
Căn cứ quy định tại điểm d khoản 1 Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13, Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ, thì: Người nộp thuế đã nộp thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm được hoàn thuế nhập khẩu đã nộp.
“3. Cơ sở để xác định hàng hóa được hoàn thuế:
a) Tổ chức, cá nhân sản xuất hàng hóa xuất khẩu có cơ sở sản xuất hàng hóa xuất khẩu trên lãnh thổ Việt Nam; có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất phù hợp với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu;
b) Trị giá hoặc lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu được hoàn thuế là trị giá hoặc lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu thực tế được sử dụng để sản xuất sản phẩm thực tế xuất khẩu;
c) Sản phẩm xuất khẩu được làm thủ tục hải quan theo loại hình sản xuất xuất khẩu;
d) Tổ chức, cá nhân trực tiếp hoặc ủy thác nhập khẩu hàng hóa, xuất khẩu sản phẩm.
Người nộp thuế có trách nhiệm kê khai chính xác, trung thực trên tờ khai hải quan về sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ hàng hóa nhập khẩu trước đây."
Trường hợp Công ty đã nộp thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm thì đề nghị Công ty đối chiếu với các quy định nêu trên và liên hệ với cơ quan hải quan nơi quản lý khoản thu để xử lý hoàn thuế theo quy định.